Skills › Scientific Agent Skills › 13c-metabolic-flux › tca-reference-mdv.json
tca-reference-mdv.json
89 lines · skills/13c-metabolic-flux/assets/tca-reference-mdv.json at 5f2bc03
1{
2 "schema_version": 1,
3 "steady_state": {
4 "metabolic": true,
5 "isotopic": true
6 },
7 "shared_fluxes": true,
8 "mdv_basis": "tracer_only",
9 "correction_notes": "Synthetic tracer-only probabilities; no natural-abundance correction applied. Isotopomer mixtures explicitly include unlabeled material.",
10 "experiments": [
11 {
12 "id": "published",
13 "substrates": {
14 "AcCoA": {
15 "11": 0.25,
16 "00": 0.5,
17 "01": 0.25
18 },
19 "Asp": {
20 "0000": 1
21 }
22 },
23 "measurements": [
24 {
25 "fragment": "GluWhole",
26 "mdv": [
27 0.3463541666666666,
28 0.26953124999999994,
29 0.27083333333333326,
30 0.08072916666666666,
31 0.028645833333333332,
32 0.00390625
33 ],
34 "omit": 5,
35 "covariance": [
36 [
37 8.333333333333334e-06,
38 -1.6666666666666667e-06,
39 -1.6666666666666667e-06,
40 -1.6666666666666667e-06,
41 -1.6666666666666667e-06,
42 -1.6666666666666667e-06
43 ],
44 [
45 -1.6666666666666667e-06,
46 8.333333333333334e-06,
47 -1.6666666666666667e-06,
48 -1.6666666666666667e-06,
49 -1.6666666666666667e-06,
50 -1.6666666666666667e-06
51 ],
52 [
53 -1.6666666666666667e-06,
54 -1.6666666666666667e-06,
55 8.333333333333334e-06,
56 -1.6666666666666667e-06,
57 -1.6666666666666667e-06,
58 -1.6666666666666667e-06
59 ],
60 [
61 -1.6666666666666667e-06,
62 -1.6666666666666667e-06,
63 -1.6666666666666667e-06,
64 8.333333333333334e-06,
65 -1.6666666666666667e-06,
66 -1.6666666666666667e-06
67 ],
68 [
69 -1.6666666666666667e-06,
70 -1.6666666666666667e-06,
71 -1.6666666666666667e-06,
72 -1.6666666666666667e-06,
73 8.333333333333334e-06,
74 -1.6666666666666667e-06
75 ],
76 [
77 -1.6666666666666667e-06,
78 -1.6666666666666667e-06,
79 -1.6666666666666667e-06,
80 -1.6666666666666667e-06,
81 -1.6666666666666667e-06,
82 8.333333333333334e-06
83 ]
84 ]
85 }
86 ]
87 }
88 ]
89}